ലൈംഗികതയും കൊലപാതകവുമാണ് അഭയ കേസിന്റെ ആകെത്തുകയെന്നാണ് സി.ബി.ഐ. ഉദ്യോഗസ്ഥനായ നന്ദകുമാര്‍ നായര്‍ വിചാരണവേളയില്‍ കോടതിയില്‍ നല്‍കിയ മൊഴി. പ്രതികള്‍ തമ്മിലുള്ള രഹസ്യബന്ധം അഭയ അറിഞ്ഞതാണ് കൊലപാതകത്തിന് കാരണമായതെന്നും സി.ബി.ഐ. കുറ്റപത്രത്തില്‍ പറയുന്നു.
ഫാ. തോമസ് എം. കോട്ടൂര്‍, ഫാ. ജോസ് പൂതൃക്കയില്‍, സിസ്റ്റര്‍ സെഫി എന്നിവരെയാണ് അഭയക്കേസില്‍ സി.ബി.ഐ. പ്രതികളാണെന്ന് കണ്ടെത്തിയത്. ഫാ. ജോസ് പൂതൃക്കയിലിനെ പിന്നീട് വിചാരണ കൂടാതെ കോടതി വെറുതെവിട്ടു. നൈറ്റ് വാച്ച്മാനായിരുന്ന ചെല്ലമ്മ ദാസിന്റെ മൊഴിയില്‍ തീയതി രേഖപ്പെടുത്താതിരുന്നതാണ് ഫാ. ജോസ് പൂതൃക്കയിലിനെ വെറുതെവിടാനിടയായ കാരണം. എന്നാല്‍ ഒന്നാം പ്രതി ഫാ. തോമസ് എം. കോട്ടൂരും മൂന്നാം പ്രതി സിസ്റ്റര്‍ സെഫിയും കേസില്‍ വിചാരണ നേരിട്ടു.
കോട്ടയം ബി.സി.എം. കോളേജിലെ പ്രീഡിഗ്രി വിദ്യാര്‍ഥിനിയായിരുന്നു സിസ്റ്റര്‍ അഭയ. 1992 മാര്‍ച്ച് 27-ന് പുലര്‍ച്ചെ പഠിക്കാനായി എഴുന്നേറ്റ അഭയ വെള്ളം കുടിക്കാനായാണ് ഹോസ്റ്റലിലെ അടുക്കളയിലേക്ക് പോയത്. ഇവിടെവെച്ച് അഭയയെ കോടാലി കൊണ്ട് തലയ്ക്കടിച്ചെന്നാണ് അന്വേഷണത്തിലെ കണ്ടെത്തല്‍. മൂന്നുതവണ തലയ്ക്ക് അടിയേറ്റ അഭയ ബോധരഹിതയായി നിലത്തുവീണു. കൊല്ലപ്പെട്ടെന്ന് കരുതി പ്രതികള്‍ പിന്നീട് അഭയയെ കോണ്‍വെന്റ് വളപ്പിലെ കിണറ്റില്‍ തള്ളുകയായിരുന്നു. രാവിലെ മുതല്‍ അഭയയെ കാണാതായതോടെ ഹോസ്റ്റല്‍ അന്തേവാസികള്‍ തിരച്ചില്‍ തുടങ്ങി. ഇതിനിടെ ഒരു ചെരിപ്പ് ഹോസ്റ്റല്‍ അടുക്കളയിലെ റഫ്രിജറേറ്ററിന് സമീപത്തുനിന്ന് കണ്ടെത്തി. രാവിലെ 10 മണിയോടെയാണ് കോണ്‍വെന്റിലെ കിണറ്റില്‍ അഭയയുടെ മൃതദേഹം കണ്ടെത്തിയത്.
അഭയ കേസില്‍ 2008-ലാണ് മൂന്ന് പ്രതികളെയും സി.ബി.ഐ. സംഘം അറസ്റ്റ് ചെയ്തത്. പ്രതികളെ നാര്‍കോ അനാലിസിസ്, ബ്രെയിന്‍ മാപ്പിങ് തുടങ്ങിയ അതിനൂതന പരിശോധനകള്‍ക്കും വിധേയമാക്കിയിരുന്നു.
ഒന്നാം പ്രതിയായ ഫാ. തോമസ് എം. കോട്ടൂര്‍ നേരത്തെ കോട്ടയം ബി.സി.എം. കോളേജില്‍ സൈക്കോളജി വിഭാഗം അധ്യാപകനായിരുന്നു. പിന്നീട് അമേരിക്കയിലേക്ക് പോയി. കോട്ടയം അതിരൂപത ചാന്‍സലറായിരിക്കെയാണ് തോമസ് കോട്ടൂരിനെ സി.ബി.ഐ. അറസ്റ്റ് ചെയ്തത്. കൊലപാതകത്തില്‍ പങ്കാളിയാണെന്ന് സി.ബി.ഐ. കണ്ടെത്തുകയും പിന്നീട് കോടതി വിചാരണ കൂടാതെ വെറുതെവിടുകയും ചെയ്ത ഫാ. ജോസ് പൂതൃക്കയില്‍ അറസ്റ്റിലാകുമ്പോള്‍ രാജപുരം സെന്റ് പയസ് കോളേജിലെ പ്രിന്‍സിപ്പലായിരുന്നു.
